计算机教学实验中心是北京大学校级实验中心之一，实验中心是校、院两级管理的实体机构，实行中心主任负责制。

　　实验中心体制： 
　　《北京大学实验室工作条例》明确规定：学校内各实验室实行统一领导，归口与分级管理的体制。由一名副校长主管全校实验室工作。学校设立实验室工作委员会。实验室与设备管理部是全校实验室工作的归口管理部门。实行以校、院(系)为主的管理体制。 
　　实验室实行主任负责制，校级实验室主任由学校任命。

　　计算机教学实验中心实行以学校、学院为主的管理体制。学校实验室与设备管理部是中心的归口管理部门，负责中心的实验室建设与管理、仪器设备固定资产的管理、实验技术队伍的建设与管理等；学校教务部是中心的教学管理部门，负责与教学业务有关的管理，提供中心日常的教学经费等；信息科学与技术学院是中心直接的行政与教学管理部门，负责中心工作岗位或机构的设立，实验教学队伍的建设与管理，实验课程体系的建设，实验课程质量监督等。

　　实验中心管理模式、资源利用： 
　　（1）中心设主任1名（学校任命），负责中心的全面工作；常务副主任1名，负责中心的日常工作；副主任2名，分别负责中心的教学和实验室管理工作； 
　　（2）中心设6大类实验室：大型基础实验室、软件实验室、IBM实验室、创新实验室、国防生实验室。每类实验室设实验室主任1名，并配备实验室管理人员，辅助实验教学。根据实验课程规模要求，组织实验教师队伍； 
　　（3）学院根据中心所承担的教学任务设置工作岗位。实验室建设、管理等教辅工作设立专职岗位，实验教学指导设立专职/兼职岗位。所有岗位人员实行公开招聘、定期考核的管理制度； 
　　（4）实验课程管理实行主持人负责制。主持人负责组织其课程组进行实验课程的建设、改革和授课，课程质量受学院督导组和学生课程评估的评价与监督； 
　　（5）实验室建设、仪器设备配置实行统一规划、专家论证，建设经费由学校实验室与设备管理部进行管理。日常实验教学经费根据实际教学规模由教务部划拨，并由中心进行统一管理和支配； 
　　（6）实验教师队伍由专职人员和来自各个学科专业的兼职人员组成，使得理论课与实验教学、教学与科研相互促进，达到人力资源的有机结合和利用； 
　　（7）仪器设备由中心统一管理和调配，除实验教学外，还可为科研和社会提供服务，提高设备资源的使用效率； 
　　（8）6大类实验室中的各个实验室根据实验教学需要可以固定时间段授课、多时间段开放和全开放运行，并可以进行适当调配。