中心的实验教学坚持四条指导原则，即1）理论指导实践：高水平的理论研究和前沿科学研究先行并作为实验教学的指导；2）软硬件结合的培养模式，理论和实践并重；3）强化基础训练：通过大量的严格的基础训练提高学生动手能力，要求学生熟练地编写准确、简洁、优美的代码；4）实践中提高综合能力和创新能力：本科生参加科学研究，在科研第一线的研究实践中贡献和提高。 
　　具体的操作方法和实施手段包括： 
　　1) 基本功训练：程序设计基础课程强化基础编程能力，系统软件和硬件课程强化理论和实践并重。 
　　a. 编程基本功训练 
　　将计算概论、程序设计实习、数据结构与算法、算法分析与设计作为一个训练基本功的系列课程平台来建设，编制一整套分层次分知识点的上机实习题集；采用北京大学自主研发的程序在线评测系统POJ，保证学生全年365天每天24小时，随时随地有上机实习编程的环境；在实习内容上比肩国际一流大学的深度和广度，广泛吸收全球大学生程序设计竞赛中的优秀题目。 
　　b. 硬件基础能力训练 
　　将数字逻辑、微机原理、计算机组成和体系结构、网络体系结构作为一个系列基本训练课程平台来建设，搭建一个层次分明、衔接过渡平缓、深度和广度与国际研究最前沿看齐的教学体系。将理论和实习单独设课，强化学生动手能力、综合能力、创造能力的培养。 
　　c. 系统软件理论与实践并重 
　　编译原理和编译实习、操作系统和操作系统实习，理论课和实习课分别独立设课，实习部分采用MIT的实验课程模块，按学生团队分别完成实习大项目的方式，提高学生对理论的理解和实际应用的能力，并在项目中培养合作能力和创造力。 
　　2) 在科研实践中培养创新能力和综合能力：建立一整套本科生科研实习制度 
　　本科生全员参与科研实习，将科研实习与本科生课程训练并列为本科生培养的两个组成部分。在一、二年级学生中遴选一些基础好的学生通过“校长基金”、“莙政基金”、“教育部大学生科研实践计划”、教师自筹等项目进入课题组参与科研项目的研究。在三年级，各个研究所实验室制度化招收实习本科生，包括组织报名、考核、录取、基础培训、规章制度培训、前沿介绍、与学生讨论确定选题，之后进入与研究生同样的培养模式进行培养。在四年级，所有没进入实验室实习的学生通过双向选择进入实验室完成本科论文。学院有严格的本科毕业论文审查制度，所有学生必须通过3~5名教师组成的答辩会，答辩通过者方可毕业，30%的学生被推荐评优，所有未被推荐评优的学生成绩最高定为良。参加评优的学生通过学院组织的5人评审团的答辩，最终全院评出“十佳”论文，推荐评优的学生如果未通过评优答辩，最终成绩将评定为良。