北京大学一直在实验教学经费方面予以保障，使得全校实验教学工作能够有效地运行和进一步的完善与发展。在《北京大学实验室工作条例》中明确规定“学校要保证实验教学运行经费的足额投入和专款专用。实验室要有稳定合理的教学设备费、仪器设备运行维护费、大型仪器设备开放测试基金、实验室改、扩建费。”等。目前，学校每年在实验教学运行方面的经费有：实习实践经费和主干基础课课程建设经费以及按照学分与选课人数确定的教学运行费约120万/年、实验教学运行费补助200万元/年、实验教学改革研究经费80万元/年、根据各基地规划投入的基地建设经费等，与此同时，学校还在进一步努力增加对实验教学的支持力度。 
　　实验中心的教学活动分为课内教学和课外教学两部分。在课内实验教学中，中心的六个实验室除创新实验室、ACM竞赛实验室外，大型基础实验室、软件实验室、IBM实验室和国防生实验室根据实验教学内容的要求，都进行了开放运行；在各个研究所/中心的研究平台上建设的创新实验室用于本科生参与科研实习的项目，ACM竞赛实验室为北大ACM集训队的学生24小时开放，IBM实验室为开设各种与公司合作的课程提供先进的授课环境，国防生实验室专门为国防生提供上机服务，软件实验室和大型基础实验室在没有课堂教学的时间对全校学生全面开放。 
　　实验中心制订了完善的实验教学与管理制度，如：《工作人员岗位责任制度》、《实验室管理规则》、《实验室学生守则》、《创新实验室管理规定》等，用来规范和保证中心实验教学工作的正常进行。 
　　对于课内实验教学：各实验室配备实验室管理人员，负责计算机教学实验环境准备、仪器设备的管理和维护工作，辅助实验教学。各个课程主持人组织本课程组教师进行实验课程的指导和开放式实验的值班、巡查、考核等。指导教师严格按照课程教学大纲规定的评分要求对学生进行全面考核，通过院教学督导组的随机检查、学生意见反馈和课程评估，对实验指导教师进行教学质量监督和跟踪，不合格教师将被停课整顿。这些措施的实施，确保了实验教学的高质量。